Unit ini dipimpin oleh Jenderal Ishii Shiro dan berkantor pusat di pinggiran kota Harbin dan bercabang ke Manchuria.
Organisasi Jepang ini merupakan suatu kompleks laboratorium besar yang terdiri dari 150 gedung dan 5 perkemahan satelit dengan 3.000 ilmuwan dan teknisi bekerja di dalamnya.
Pada tahun 1932, Ishii Shiro mendirikan suatu Laboratorium Pencegahan Epidemik di sekolah medis militer Tokyo dan Unit Togo di desa Bei-inho, sebelah tenggara kota Harbin.
Laboratorium ini sempat ditutup pada tahun 1934 karena 12 orang tawanan perang lari dari fasilitas tersebut dan pasukan gerilya Tiongkok berhasil menyerang pasukan Ishii.
Dua tahun kemudian, Unit Togo dibuka kembali dan berganti nama menjadi Departemen Pencegahan Epidemik Tentara Kwantung (Unit Ishii) dan pada tahun 1940 diubah kembali menjadi Departemen Pencegahan Epidemik dan Purifikasi Air (menjadi Unit 731 pada tahun 1941).
Selain di Manchuria, militer Jepang juga memiliki cabang di Beijing (Unit 1855), Nanking (Unit 1644), Guangzhou (Unit 8604), dan Singapura (Unit 9420) dengan total 20.000 staf secara keseluruhan. Masing-masing cabang melakukan eksperimen biologi dan kimia yang telah dikembangkan oleh Unit 731.
More